1987年日本富崎医科大学须见洋行等首先发现纳豆激酶(nattokinase，NK)，随之将提取出的纳豆激酶应用于狗的血栓作用，证明是一种有纤溶活性的酶制剂，所以定名为纳豆激酶。NK是一种丝氨酸蛋白酶，能显著溶解体内外血栓，明显缩短优球蛋白的溶解时间(ELT)，并能刺激静脉内皮细胞产生纤溶酶原激活剂(t-PA)，从而更有效地发挥溶栓效果。纳豆激酶做栓药物具有以下优点:
a.纳豆菌被FDA认证为食品工业的安全性细菌;
b.纳豆激酶分子量小，更易为人体吸收;
c.可以有消化道吸收，因此可以成为第一个口服性溶血栓药物;
d.直接作用于纤维蛋白，且作用迅速;
e.可以利用细菌发酵生产，因此造价低廉，有望开发为一种安全的食用血栓预防剂
纳豆中含有染料木素和染料木甙，类似枯草溶血素的脂肽，还含有丰富的植物雌激素和一种叫infrabin的类黄酮色素形成成分，这些物质有强烈的裂解功能，抑制肿瘤细胞的增殖。1967年金泽大学药学院的龟田教授发表了有名的纳豆抗癌动物试验，他将Ehrlich肉瘤移植到鼠的皮下，2～3天后，比较了右足部注入纳豆菌和没有注入纳豆菌的鼠的癌细胞生长情况。纳豆菌对动物的生长是无害的，但抑制了癌细胞的生长，龟田教授将有这种抗癌效果的纳豆菌命名为KMD1126。据报道，日本每人每天摄入的染料木素和染料木甙为1.5～4.1mg和6.3～8.3mg，其中染料木素是抗癌的主要活性成分;而欧美国家每人每天摄入的黄酮总量仅为几毫克。调查表明，日本人乳腺癌、的发病率远远低于欧美国家，因此认为常食用含染料木素高的纳豆，可有效降低癌症发病率。
纳豆周围的黏性物质中有血管紧张肽转化酶抑制剂(ACEinhibitor)，这种抑制剂分为水溶性和醇溶性两种，其中水溶性抑制剂为高分子量的，IC50为12mg/mL;醇溶性抑制剂为低分子量物质，具有两种形态，抑制作用强于水溶性抑制剂，IC50分别为0.53mg/mL和0.95mg/mL，其pH和温度稳定性都很好。
这两种形态的醇溶性抑制剂的抑制模型是不同的，一种是竞争性抑制，一种是非竞争性抑制。1977年预防高血压帝国女子大学营养学教授林右市的研究小组在20年前就进行了纳豆预防高血压的实验，他们使有遗传性高血压老鼠摄入纳豆，与摄入等量大豆的老鼠作为对照。其结果是，食用大豆的鼠血压逐渐升高，4个月内平均波动达到0.033MPa;而食用纳豆的鼠血压4个月内波动最高值达到0.027MPa。
纳豆中含有大量的抗氧化物质，如卵磷脂、异黄酮、α-生育酚(即VE)、超氧化物歧化酶(SOD)，其中卵磷脂经常食用可有效降低血脂、胆固醇及清除脑组织细胞中过氧化脂质色素，调节皮肤细胞和皮肤表面水和纳豆中含有大量的皂甙素，由于纳豆比大豆容易消化，所以纳豆里的皂甙素比大豆里的更容易为人体吸收。皂甙素是一种遇水便溶解、遇热便分解的物质，因此在豆腐、豆浆中含量很少。皂甙素不仅能够改善便秘，还可以减少血脂、预防大肠癌、降低胆固醇、软化血管、预防高血压和动脉硬化、抑制艾滋病毒。高度饱和脂肪酸对人体有害，纳豆里所含的生育酚正好可以消除它的危害。
纳豆含有丰富的维生素，包括维生素B2、维生素b6、维生素B12、维生素E以及维生素K。在纳豆中维生素K分为维生素K1和维生素K2两种，其中维生素K1包含在纳豆本身，不溶于水;而维生素K2存在于纳豆外面的黏性物质中，溶于水。纳豆周围含有许多的黏性物质，其主要成分是γ-PGA，它可在维生素K的参与下与Ca离子偶合，提高人体对钙的吸收。
纳豆可产生许多抗菌素，如杆菌肽、多黏菌素、2，6-吡啶二羧酸，这些物质对痢疾杆菌、原发性大肠杆菌O-157、O-111、O-144、伤寒菌、沙门氏菌等，都有强烈的抑制作用。
枯草杆菌不产生毒素，是对人体没有致病原的安全菌株，它能分泌很多酶类，如淀粉酶、蛋白酶等。利用它发酵大豆不仅可保持大豆几乎不含胆固醇、必需氨基酸含量高、营养平衡好的优点，而且可使大豆的消化率提高。杆菌发酵大豆后，在蛋白酶的作用下，促进了大豆组织的分解和蛋白质的水解，蛋白质的消化吸收率可以从原来的50%增加到90%以上。有50%～60%的大豆蛋白质转化为肽和氨基酸，其中10%是氨基酸，特别是谷氨酸较多，因此纳豆非常鲜。
大豆中约有28%碳水化合物，其中2/3是半纤维素、纤维素和木质素等食物纤维，这些食物纤维在食用后可防止便秘、预防大肠癌和直肠癌，还可起到防止甘油三酯的增加和降低血清胆固醇等效果。另外，食用纳豆后，纳豆菌在肠中发芽增殖，作为营养物质能在肠内生活几周，分泌各种酶和维生素类物质可以与寡糖偶合，从而促进双歧杆菌增殖，对肠道菌群的微生态平衡起重要调节作用，保证肠功能的正常
日本名古屋大学的研究团队发现，茶叶中的吡咯喹啉醌成分具有延缓衰老、延长的功效。吡咯喹啉醌于1970年左右被人们发现，之后的研究表明，其有抗氧化和保护神经的作用，因此常被用于保健产品及化妆品。
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