全株芳香，可作香料或驱蚊虫；茎、叶可入药。菖蒲性温，味辛、苦。能为辟秽开窍，宣气逐痰，解毒，杀虫。治癫狂，惊痫，痰厥昏迷，湿痹，噤口毒痢，外敷痈疽疥癣。开窍，化痰，健胃。用于癫痫、痰热惊厥、胸腹胀闷、慢性。
菖蒲其花、茎香味浓郁，具有开窍、祛痰、散风的功效，可祛疫益智、强身健体。历代中医典籍均把菖蒲根茎作为益智宽胸、聪耳明目、祛湿解毒之药。
因为不同的菖蒲有不同的药用功效，而且菖蒲是有毒植株，因此在选购时需要区分几种不同的菖蒲，所以，可以根据上述不同菖蒲的特征选购所需要的菖蒲种类。节菖蒲、石菖蒲、水菖蒲这三者从药材个头上最易区别节菖蒲细，直径0.3～0.7cm;石菖蒲直径0.3～1cm;水菖蒲最粗，直径1～1.5cm。