蛏子的外壳虽然富含钙质，但质地坚硬，不易消化，食用后，可能导致消化不良、胃痛等症状，蛏子壳表面可能附着细菌和寄生虫，食用后容易引发疾病。
蛏子的内脏，如肝脏、肠道等，含有较多的重金属和污染物，长期食用这些部位，可能对健康构成威胁，在食用蛏子时，应将内脏部分彻底清除。
蛏子的头部含有较多的沙粒和杂质，食用后可能引起口腔不适、喉咙疼痛等问题，头部还可能残留寄生虫，食用后易引发疾病，在食用蛏子时，应将头部去除。
蛏子体内可能含有寄生虫和细菌，未煮熟的蛏子食用后容易引发食物中毒，为确保安全，食用蛏子时必须确保其完全煮熟，煮熟的蛏子肉质鲜嫩，更佳。
部分人群对蛏子等海鲜过敏，食用后可能会出现皮肤瘙痒、呼吸困难等过敏反应，过敏体质者应谨慎食用，或避免食用蛏子。
孕妇和哺乳期妇女在食用蛏子时，应注意适量，由于蛏子中含有较多的碘元素，过量食用可能导致甲状腺功能亢进，孕妇和哺乳期妇女应确保所食用的海鲜新鲜、卫生，并控制食用量。
蛏子与某些食物同食可能会产生不良反应，以下是一些不宜与蛏子同食的食物：
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