在沪港通结算汇率是当日交易收盘后，中国结算机构会根据市场港股通成交清算净额（单边、净应付或净应收），在香港与换汇银行换汇后，将换汇成本均摊至当日所有买入成交和卖出成交而计算得出的汇率。结算汇兑比率包括买入结算汇兑比率和卖出结算汇兑比率两项。其中，卖出结算汇兑比率适用于港股买入交易，买入结算汇兑比率适用于港股卖出交易。
沪港通市场投资者可以通过上海证券交易所网站查询沪港通下的港股通交易的参考汇率和结算汇率。其中，参考汇率包括港股港币买入参考价、港股港币卖出参考价两项。交易所和境内证券公司利用该参考汇率对投资者的资金进行前端监控。投资者在买入港股时，证券公司利用港币卖出参考价计算投资者需要冻结的人民币资金。而投资者在卖出港股时，证券公司利用港币买入参考价计算投资者可用的人民币资金。
港股通的交易汇率是当日（T日）日间委托时汇率冻结情况。
买入时，使用当日交易所公布的参考汇率卖出价。卖出时，使用当日交易所公布的参考汇率买入价。当日（T日）日终清算时，使用登记公司提供的日终汇率结算价，买入使用卖出结算汇兑比率；卖出使用买入结算汇兑比率。