枯萎病：叶片从下到上由绿转黄，最终枯萎至死，需加强管理，通风排水，提高抵抗力。花腐病：花朵畸形，花由黄到黑，最终枯死，需施磷钾肥，情况严重时整株清理掉。褐斑病：生长期间随时发生，初期叶片呈紫褐色，有穿孔现象，需对种子消毒，合理灌溉，施加磷钾肥。
枯萎病亦称疫病，是由真菌或者细菌引起的病害。发病时间突然，发病时，茎叶开始变成褐色，在慢慢萎蔫，最终全部干枯至死，真菌性枯萎病一般可通过土壤传播，夏季发病率较高；细菌性枯萎病，症状为浅灰色水渍状斑点。
治疗方法 ：加强对花的培养管理，提升万寿菊的抵抗力，及时通风排水，清理病残物，种一期换一个地方再进行培育，定时给花喷洒浓度含量为75%的多菌灵、百菌清等药物可有效缓解。
在花朵发芽时，感染此病症，导致花不能正常生长，花叶开始变黑；感染此症在开花后，最为显著的特征就是花朵畸形，然后从花的底部到顶端再到花朵的花茎由黄色转为褐色再变成黑色，最终枯萎至死。治疗方法：为减少花腐病的发生，可适量施含有磷与钾的花肥，施肥时不能将养料放在距离根茎过近的位置，以免被烧伤。如果感染上了此病症，及时清除掉所感染的部位，如果情况严重，需整株清除掉。
褐斑病又称黑斑病、斑枯病。在万寿菊生长过程中随时都会发生，危害严重。其症状初期在叶片上出现紫褐色小斑点，形状不规则，后变成黑色斑点，周围出现绿色晕圈，有穿孔现象，该病症可通过种子传播病毒。
治疗方法：用稀释过后的杀菌剂对种子进行消毒；合理灌溉、施磷钾肥，提高其抵抗力。
立枯病主要发生在育苗期，其症状一般是在幼苗出土后出现，首先是在幼苗茎的底部产生褐色小斑点，随病情发展，斑点逐渐扩大，最后茎的底部开始萎缩死亡。
治疗方法：选用无菌新土配合营养土育苗，或者在出苗后用50%代森锰锌1000倍液喷洒8天一次。