清康熙元年（1662），南明延平郡王郑成功收复了被荷兰人侵占达三十八年之久的中国领土台湾。郑成功去世后，其子孙郑经、郑克塽为首的郑氏集团统治下的台湾成了同清政府长期对峙的独立王国。清政府为了断绝郑氏集团粮饷和军用物资的供给，坐困郑氏集团，令其不战而降，对郑氏集团实施经济封锁，其措施就是迁界移民，北自天津南至广东，沿海岸线钉定界桩，严禁一切船只出海贸易、捕鱼。沿海及各岛屿的居民内迁30－50里，在沿海一带形成一个无人区。舟山也不例外，岛上所有居民均迁入内地。二十年后,清康熙二十二年（1683），清政府收复台湾，海宇廓清，浙江巡抚赵士麟、总兵孙惟统奏请展复舟山。二十五年五月，总兵黄大来会同督抚上疏，题请在舟山设立县治。康熙皇帝以为“舟”是动的物体，动了就不太平，倒不如以“定”为好，“海定则波宁”，从此可以“金城汤池，永建不拔”，于是改舟山为定海，并御笔亲题“定海山”三字。第二年设立县治，又赐名“定海”。原来的“定海”则更名为镇海。知县缪燧敬奉御书于二十八年择学宫东偏地建楼三楹，上悬御题宝额，永镇山海。该楼多次毁于台风，光绪年间重修，目前在昌国路定海二中东侧修复的御书楼，系光绪间原貌，现为舟山市重点文物保护单位。康熙二十七年所建的定海县含富都、蓬莱、金塘、安期四乡，其中“富都乡为附郭大岙”，辖区最大，系县署所在地。康熙《定海县志·县治图说》是这样描述的：“夫大海滔天，中洲突起，环五百里之广而扼冲设县。衙山抱于东隅，镇鳌峙其西北，南以关山为内案，北以双髻为门屏，以地势言之，洵瀛海一要区也。”衙山在定海城东，俗称鳌山，山上原建有奎光阁和文笔塔。此山山体不大，现已夷为平地盖了房子。关山是定海道头的东岳山，它和镇鳌、双髻两山现仍屹立在定海城的南、北两端。这段话极言定海地势之雄伟、险要。
清初，清廷因受明代防倭政策的影响，再次颁“迁海令”。不久，地方官吏们就认识到地“舟山是宁郡藩芳，亟宜展复。”康熙二十三年（1684），朝廷“展海令”出于对倭患的心有余悸，为更好地守住这方曾动荡不安的“皇土”，二十六年，康熙皇帝以“山（指今舟山岛）名为舟，则动而不静”，取海波永定之义，诏改“舟山”为“定海山”，并题“定海山”额。次年，建定海县，改原定海县为镇海县。从此，群岛名称开始与政区名称分离。
