１、杀菌灯：ＵＶ杀菌灯可以破坏生物ＤＮＡ、杀菌，也可以消灭藻类，消除水中的单细胞小球藻。
２、凝结剂：在水中放入凝结剂（明矾），对水里杂质起絮凝作用，是物理方法，只能在水质极度浑浊时应急使用。
３、生物控制：使用水蚤把小球藻吃掉，在鱼缸中养几条青苔鼠、清道夫或闪电鼠等能清除藻类的鱼，也可以抑制藻类。
４、盐度控制：小球藻是窄盐性生物，对盐度的增加很敏感，所以在水里加盐对绿水消除很有帮助。不过同时要注意你的缸中不能有魟鱼，或是水草，盐对他们也有害。
５、用除藻剂：虽然可以除藻，但不建议使用，因为这是一种药剂，对鱼对草都有害。
６、抑制生长：可以减少光照，减少喂食，加强换水，比较安全，缺点是时间会比较长。