制作[制作：用原材料做成各种不同的作品。]臭豆腐有专门的卤水，而卤水的配料中含有黑豆豉和香菇，这两种成分让卤水颜色变得乌黑，再将发酵[发酵指人们借助微生物在有氧或无氧条件下的生命活动来制备微生物菌体本身、或者直接代谢产物或次级代谢产物的过程。]的豆腐放入其中，就能让豆腐染上这种黑黑的颜色，而这样制作的黑色臭豆腐同样也是健康有营养的。
但事实不是这样的，因为如果是用屎制成的臭豆腐，虽然会达到臭味的感觉，但并不会让你吃着香，另外即使有人用屎制作臭豆腐，那做一行的人，能干的下去吗，做的过程中，恐怕都要被屎给熏晕了吧，所以臭豆腐用屎做的说法没有科学依据，不可信。
卤水采用豆豉、纯碱、青矾（经典长沙臭豆腐已经不用青矾而用食品添加剂了）、香菇、冬笋、盐等共同煮制成。首先先用黑豆豉煮沸，然后冷却后加入香菇、冬笋、白酒等佐料，浸泡15天左右即可。
将黄豆用水泡发，泡好后用清水洗净，换入清水20~25kg，用石磨磨成稀糊，再加入与稀糊同样多的温水拌匀，装入布袋内，用力把浆汁挤出，再在豆渣内对入沸水拌匀后再挤，如此连续豆渣不沾手，豆浆已挤完时，撇去泡沫，将浆汁入锅用大火烧开，倒入缸内，加进石膏汁，边加边用木棍搅动，约搅15~20转后，可滴上少许水，如与浆混合，表示石膏汁不够，须再加进一些石膏汁再搅。如所滴入的水没有同浆混合，约过20分钟后即成为豆腐脑[豆腐脑一道著名的中式传统小吃，常与豆腐花、豆花混用，依据各地口味不同，北方多爱咸食，而南方则偏爱甜味，亦有地区如四川等喜爱麻辣口味。]。将豆腐脑舀入木盒内，盖上木板，压上重石块，压去水分，即成豆腐。
将青矾放入桶内，倒入沸水用棍子搅开，放入豆腐浸泡2h左右，捞出豆腐冷却。然后将豆腐放入卤水内浸泡，春、秋季约需3~5个h，夏季约浸泡2h左右，冬季约需6~10个h，泡好后取出，用冷开水略洗，沥干水分备用。
锅烧热，再将茶油全部倒入锅内烧红，放入豆腐用小火炸约5分钟，一待焦黄，即捞出放入盘内，用筷子在豆腐中间钻一个洞，将辣椒油、酱油、麻油倒在一起调匀，放在豆腐洞里即成美味的臭豆腐。
发酵型的臭豆腐，采用优质黄豆为原料，经泡豆、磨浆、滤浆、浸卤、前期发酵、后期发酵等多道工序制成，一般制作时间需2—3个月，在此发酵过程中，臭豆腐中所含的蛋白质在蛋白酶的作用下分解，所含的硫氨基酸[氨基酸是羧酸碳**上的氢**被氨基取代后的化合物，氨基酸分子中含有氨基和羧基两种官能团。]也充分水解，然后产生一种叫硫**（H2S）的化合物[化合物由两种或两种以上的元素组成的纯净物（区别于单质）。]，这种化合物具有刺鼻的臭味，同时在蛋白质分解后，也会产生氨基酸，而氨基酸又具有鲜美的滋味，因此臭豆腐闻着臭，吃着香。
也有的作坊是用臭卤水制作的臭豆腐，这是一种制作臭豆腐的专用卤水，由生物发酵而成，用臭卤水制作的臭豆腐，其中的细菌、霉菌等会分解豆腐中的蛋白质，使原本的豆腐组织松弛，散发臭味。
另外还有小作坊采用臭精浸泡臭豆腐，这是一种用**亚铁、硫**、*砂等物质给豆腐上色、上味的方法，但这种方法制成的臭豆腐对人体健康危害极大，要避免食用。