接下来，让我们来实现一下上面的热图。
为了绘制这种热图，首先要准备两类数据。
（1）基因表达矩阵，行是基因，列是样本，表达值可以是FPKM或者log转化后的表达值等都可以。
（2）基因名称列表，将待标识的重要基因名称以一排的形式放在一个列表中。
随后，将上述两个数据导入R中，绘制热图。
首先读取基因表达值矩阵，绘制一个常规的无基因名称的热图。
随后，将重要的待展示名称的基因名称列表读入到R中，并添加在热图右侧显示出。
我们根据legends这一节的内容进行一些调整
基础知识，多多学习
先通过K均值聚类算法，把这些基因聚成30类来画热图。
绘制热图，最常用的是R语言，当然也能用GraPHPadPrism做。但如果数据量不是特别大的话，这里推荐一个在线工具ClustVis，但数据量大时还是容易卡顿。不同基因在不同样本中的表达量，可能会跨越好几个数量级，这样就会把色键分得很细，所以通常会对表达量取对数，或取Z-score，这样色键的范围一般就在个位数内变化。
另一个不太卡的在线工具叫Morpheus，博大研究所开发的。还有桌面软件HemI，华中科技大学开发的。
近日，看到-生信作曲家-发的帖子，展示的内容是单细胞差异基因的图，是利用热图的形式展现的，在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例，差别一目了然，可以同时展示很多的基因。
首先构建作图数据，我们用最“笨”的办法吧，分别找出不同细胞类型下，两组之间（GM，BM）的差异基因，这里设置阈值为0，让所有基因都保留下来。然后设置需要查看或者展示的基因，分别在各个差异基因文件中提取这些基因的表达数据，我们需要的数据是ptc1和ptc2这两列，分别对应两个分组。最后将所有细胞差异基因中提取的数据进行合并就可以作图。
热图的做法很简单，参考我们之前的系列：
画热图只标注感兴趣的基因名称
热图2：分组聚类，让热图分裂
热图3：热图行列分组信息注释
热图4：ComplexHeatmap画复杂热图行列注释
我们可以直接用pheatmap来画，但是区别在于需要将每个基因在细胞中的表达数值显示在热图上，只需要加display_numbers=TRUE参数即可。
聚类最后导出pdf图片，用AI修饰一下即可。
当然ComplexHeatmap包的Heatmap函数也是适用的。如果需要进行更多的修饰和改造也是可以的。（补充：之前的热图系列没有说到一个问题就是ComplexHeatmap做热图之后的legend标题的问题，自动显示的是matrix，而且每画一次，就在后面加数字，有很多小伙伴有这个疑问。其实在他的参数heatmap_legend_param中是可以定义标题和legend位置的。）
最后修饰修饰成为一个可发表的图片。
1.输入demo数据到R中利用read.delim()函数读取demo.txt文件，将文件中的基因表达数据存到名为data的对象中。利用str()函数查看data对象，存储有100个观测值(obs，即100个基因转录本)，每个观测值对应20个变量（即在20个样本中的表达值水平），数据类型为数值型（num）。已知其中sample1~sample10来自A组，sample11~sample20则来自B组。2.利用pheatmap包中的pheatmap()函数绘制热图键入代码，按默认方式进行热图绘制简单一句代码，热图便绘制完成
组学数据已经泛滥，但是信息的挖掘仍任重道远。顺手的工具，可以节省使用者尽可能多的时间，或者将看起来很复杂，很难以完成的事情，变得非常简单。
图形的掰弯，这个是我很久以前已经实现的功能，当然这个功能的灵感（而不是实现逻辑）来至《TheGrammerofGraphics》（这本书也是R包ggplot2的实现基础）。图形的掰弯，正如本公众号早前的推文介绍，事实是笛卡尔坐标系像极坐标系转换的过程。坐标的转换是一个事情，而图形的变换是另一个事情，比如矩形要办成中空的扇形等。
热图，我已经不止一次谈及，如果早前有关注生信札记公众号的朋友，那么应该知道，TBtools有两个热图功能，AmazingHeatmap和FancyHeatmapBrowser，各有所长。一般用过的人，大部分时候都会觉得真的是Amazing。后者目前似乎用的人不多，不过我们课题组有一些相关成果会应用上。或许有时候，过于非常规的出图逻辑（往往也是更优秀的发表级图片）并不能为多数人所接受。所以没有人用，也是意料之内。
优秀的人，总是会突破已有局限的。
我写AmazingHeatmap在先，而后续才实现了掰弯逻辑。掰弯逻辑的实现，本身是为了Circos图工具的实现。但是我并没有想到，会有TBtools用户在我之前挖掘出了掰弯的热图的使用逻辑。
掰弯的热图，目前已可在数个已发表工作中见到。往往，使用这一功能的目的，可能是尽可能展示更多的基因。这个需求其实很容易产生。有时候，我们展示十几个基因，那么常规的矩形热图效果就很不错；但是，当基因数目上升到数十上百，那么可能图版就不好放下。此时，圆环状的优势就会体现出来。
首先，应该升级TBtools到最新版本，然后，还是打开AmazingHeatmap这个工具
第一步是，大概调整一些文字与图形的距离，主要原因是文字总归是文字，使用的空间与我们图形元件使用的空间不同，所以距离需要自己多试试...,我同时也调整了树的宽度
首先是一个提示操作，TBtools的所有图片是交互的，原本图是这样的
在图形外的空白处，鼠标右击两次，可显示隐藏元件
摁住Shift键不放，鼠标右键TilePanel，此时会出现菜单，选择
如此，即可合并两个Panel（用于后续统一转换坐标系）
接下来的操作就比较简单，对合并后的Panel，鼠标右键，调出菜单，
这些参数，可以依据自己需要，不断细调。具体就看个人需要了
比如你看都不想看到一个gap
其实，如果你确实花时间去了解一个工具，那么并不会有那么多使用问题。如果有，那么一般是你想要使用别人甚至是开发者的时间来实现你的梦想。既然如此，其实你需要做的是考虑支付一定额度的酬劳。
真正做事情的，往往遇到问题，会自己找到解决办法。比如这位朋友，自己搞定一个图，最后整到微信头像上
近日，事情挺多的。或许生物学问题值得做的事情已经很多了，写工具已经放在第二甚至第三位。正如我们所看到的，过得好的，更多的还是做生物学问题的，而不是写工具的。
当然，写工具，本身也是为了解决生物学问题，只是为谁解决生物学问题，这是一个需要问自己的问题。