蜂蜜柠檬水中含有丰富的维生素C，食用可以补充维生素C，具有美白祛斑的作用，但是维生素C分解酶会将维生素C分解掉，影响蜂蜜柠檬水的功效与作用，因此不能一起吃，*少要间隔半个小时之后再食用。
常见的富含维生素C分解酶的食物有：胡萝卜、南瓜、黄瓜、西葫芦[西葫芦（学名：CucurbitapepoL.），别名：茭瓜、白瓜、番瓜、美洲南瓜。]等。
蜂蜜柠檬水具有润肠通便的作用，本身就会促进肠内容物的排出，再食用具有滑利性的寒性食物，会更加促进肠内容物的排出，因此蜂蜜柠檬水和寒性食物一起食用会有拉肚子、腹泻的可能，食用的时候*好间隔2个小时。
常见的寒性食物有：苦瓜、西瓜、柚子、冰糖橙、桑椹、生藕、螃蟹等。
蜂蜜柠檬水中含有丰富的有机酸[有机酸是指一些具有酸性的有机化合物。]，如柠檬酸、苹果酸[苹果酸，又名2－羟基丁二酸，由于分子中有一个不对称碳**，有两种立体异构体。]等，而香葱中含有丰富的硫氨基酸[氨基酸是羧酸碳**上的氢**被氨基取代后的化合物，氨基酸分子中含有氨基和羧基两种官能团。]，蜂蜜柠檬水中有机酸和硫氨基酸相遇会发生化学反应，有**胃肠道导致腹泻的可能。
海鲜中含有丰富的钙离子，会和蜂蜜柠檬水中的有机酸发生反应，导致生成一些不溶于水的钙盐，影响消化。同时有机酸会导致蛋白质的变性，增加消化难度，不利于消化吸收。