盆栽柠檬要想开花结果在春季修剪时，需要剪掉靠近植株根系附近的枝叶和幼芽。在夏季修剪的时候，对生长过密的枝干进行随机修剪，将主干徒长的部分剪掉。在成熟期时，将已经开花结果、只开花不结果、不开花不结果的枝干全部剪掉。在冬季修剪掉植株上枯萎、衰老、病虫害的枝干。
盆栽柠檬在春季修剪时，需要将靠近植株根系底部的枝叶和幼苗全部剪掉，这样能够减少植株中水分和营养物质的消耗，促进植株主干的生长，还可以选择生长旺盛、健康的侧枝，作为新的主枝进行培养，能够更好地开花和结果。
盆栽柠檬在夏季修剪时，需要将生长过于茂密进行随机修剪，将主干生长徒长的部分剪掉，只保留15厘米的长度，徒长的部分可以用清水冲洗干净，涂上百菌净消毒后，作为插穗进行栽种，能够提高扦插的成活率。
盆栽柠檬在成熟期修剪时，需要将已经开过花结过果、只开花不结果、不开花不结果的枝干全部剪掉，将枯萎、腐烂的花朵和果实全部清除干净，促进植株果实的成熟速度，也能够提高果实的产量和品质。
盆栽柠檬在冬季修剪时，主要修剪掉植株上枯萎、重叠、衰老、病虫害的枝干，但是不能够大面积的修剪，在修剪完成后，需要及时涂上多菌灵溶液，起到杀菌消毒、加快伤口愈合的作用，避免植株感染空气中的病毒。